Japón, 2029. La cíborg completa Motoko Kusanagi concibe una fuerza especial para combatir amenazas emergentes. Daisuke Aramaki la recluta y forma la Sección 9 de Seguridad Pública, la Patrulla Especial Acorazada Antidisturbios. Una conspiración internacional apunta al hacker Maestro de Marionetas. ¿Qué le espera a Kusanagi? ¿Qué planea el hacker? Comienza una nueva era de acción ciberpunk.
En una redada en una reunión con un representante extranjero sospechosa de corrupción y actividades delictivas, Daisuke Aramaki, de Seguridad Pública, se encuentra con una misteriosa cyborg, quien se presenta como Motoko Kusanagi y le propone al ministro de Asuntos Internos crear una nueva unidad de fuerzas especiales. Aramaki le pide a Kusanagi que investigue algo.
Kusanagi y su equipo comienzan a operar como el Escuadrón Shell (Shell Squad) tras ser reclutados por Aramaki. Momentos después, el cerebro cibernético del intérprete del Ministro de Relaciones Exteriores es infectado por un virus. Aramaki sospecha que el Coronel Malles, quien vive exiliado en el país, está intentando interferir con una reunión secreta. Aramaki ordena a Kusanagi rastrear el hackeo para encontrar al culpable.
